Ngày 28 tháng 5 năm 1981, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã Tả Ngảo (trừ thôn Tả Trang sáp nhập vào xã Quang Kim) vào xã Bản Qua.[6]

Ngày 28 tháng 5 năm 1994, thành lập thị trấn Bát Xát trên cơ sở toàn bộ 149 ha diện tích tự nhiên với 2.495 người thuộc 4 thôn: Lá Nuộc, Đông Phón, Đông Thái, Bản Lợi của xã Bản Qua.[7]

Đến năm 2019, xã Bản Qua có diện tích 53,54 km², dân số là 5.879 người, mật độ dân số đạt 110 người/km².

Ngày 11 tháng 2 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 896/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã thuộc tỉnh Lào Cai (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 3 năm 2020)[2]. Theo đó, điều chỉnh 11,90 km² diện tích tự nhiên và 1.923 người thuộc 5 thôn: Bản Trung, Châu Giàng, Bản Náng, Làng Mới của xã Bản Qua vào thị trấn Bát Xát.

Sau khi điều chỉnh, xã Bản Qua có diện tích 41,64 km², dân số là 3.956 người.